终于搞定MySQL server has gone away错误了
原来是MySQL连接超时的问题
据sae官方的说明（附链接：常见问题-SAE文档中心）
MySQL连接超时时间为30s，不是默认的8小时，所以你需要在代码中检查是否超时，是否需要重连。对于使用sqlalchemy的用户，需要在请求处理结束时调用 db.session.close() ，关闭当前session，将mysql连接还给连接池，并且将连接池的连接recyle时间设的小一点（推荐为10s）.
于是在app config里添加了超时自动重连的参数